全部を把握してる訳でもないので全てではないかもしれませんが、知っているところを列挙。
アイパラ！IDOL PARADISE / WHRPhttp://www.idolparadise.net/ゲームシステムがナナシスのパクリ！と言われていた音ゲー。Android版のみの配信でAndroid 2.xで動くといういまどき珍しい音ゲーでした。
パクリ云々の関係があったのかは知りませんが、突如サービス終了。
リズムオブファイターズ / SNKプレイモアhttp://game.snkplaymore.co.jp/official/rof/ソシャゲではないけれど、スマホ音ゲー。名前のとおりKOFの音ゲー。
配信当初は有料アプリ+DLCとして配信された後に、無料アプリ+DLCになりました。
基本無料が多い中有料だったり、知名度は高いとはいえ元々が格ゲーのKOFの音ゲー。という点から話題になることもあまりなく終了。
アイドリズム！/トムスエンタテイメントhttp://idlp.jp/アニメ製作会社のトムスから配信されていた音ゲーアイドリズム。
女性ユーザーやファンがいたもののプレイヤー数は少なく、イベントで上位50位に入れるとかいうレベルの過疎っぷりだった模様。
サービス終了後も曲を配信して欲しい等の強い要望もあり、新たなプロジェクトが始まることに。もう一度音ゲーになるかもしれない？！
リズム怪盗R プレミアムライブ / セガhttp://r.sega-net.com/3DSで発売されているリズムゲーム、リズム怪盗Rのスマホ版。
スマホ版は有料アプリ＋課金要素があるゲームでした。特にスマホじゃないといけないっていう要素もないし3DS版でよくね？と思ってた。
わグルま★ / GMOgamepot http://star.waguruma.jp/元々ブラウザゲーだったわグルま!の音ゲー。
本家の方も終了して、わグルまシリーズはこの音ゲーだけだったのですが、こちらも終了。
プレイヤー数は少なく、遊べるようにはなっていたものの特に更新もなかった模様。
スマイル☆シューター Dear my Dream / 一確2015年じゃなくて2016年2月1日に終了だけど、告知があったのは2015年ということでｗ
山佐が企画したバーチャルアイドルプロジェクトのスマイルシューターの音ゲー。
元々は2015年夏コミまでに配信する予定だったのが、iOS版が配信が遅れ結局配信されることなくサービス終了。
プレイヤーが少なくというのもあるのだろうけど、iOS版が配信できなかったということから開発の方になんか問題があったのかな？
数多くのスマホゲーがサービス終了する近頃ですが、音ゲーはまだまだ少ない方？
そもそも音ゲーのアプリが増えてきたのが最近なので、終了が増えるとしたら今後なのかもしれない。
運営のやる気がないというものとかプレイヤーが少ないというサービス終了予備軍も何本かあるし、今年も何本かのサービス終了はありそうですね。