とはいえ販売本数みたいに毎週どこかに掲載されているものではなく、ランキングはあるけど集計期間や実際の数がわからない。
ということで、公式で発表されたダウンロード数のデータでしかわかりませんでした。
もちろん最後に発表された時期の違いなんかもあるので現在の数値ではありません。
パッケージのゲームソフトと違い、配信されたあと数年経っても伸び続ける数字なので、ゲームソフトのどのくらい売れた！？みたいな数字とは意味合いが違ってくるかと思います。
そもそもAndroidとiOS両方で配信されているかどうかの差もありますし。
ダウンロード数のみ気づいたときに随時更新
jubeat plus
200万ダウンロード（2014年1月12日達成/iOS 2010年11月08日配信開始）
http://www.konami.co.jp/ja/tv/?mode=movie&page=detail&code=1456
ポップンリズミン
40万ダウンロード(2014年5月1日発表/iOS 2013年10月3日配信開始)
http://p.eagate.573.jp/game/bemani/p/news/detail.html?nid=2521
クロスビーツ
20万ダウンロード(2014年3月発表/2013年12月2日配信開始)
AKB48 ついに公式音ゲーでました。
50万ダウンロード(2014年5月16日発表/2014年5月7日配信開始)
100万ダウンロード(2014年6月17日発表)
https://twitter.com/AKB48MusicGame/status/478747361825402880
150万ダウンロード(2014年9月30日発表)
https://twitter.com/AKB48MusicGame/status/516809014814838784
200万ダウンロード（2014年12月発表）
http://akb48game.jp/news/detail/447
230万ダウンロード（2015年6月発表）
http://akb48game.jp/news/detail/830
240万&250万ダウンロード（2015年6月発表）
http://akb48game.jp/news/detail/888
ラブライブ！スクフェス
300万ダウンロード(2014年5月24日発表/iOS 2013年4月15日配信開始)
https://twitter.com/lovelive_SIF/statuses/470096546285883393
400万人突破(2014年8月8日達成)
https://twitter.com/lovelive_SIF/status/499752286608830464
2014年7月後半のイベント参加者が96万人だったらしい。
ユーザー数500万人(2014年10月5日達成/2014年10月8日発表)
https://twitter.com/lovelive_SIF/status/519683846187401216
ユーザー数600万人(2014年12月4日達成/2014年12月5日発表)
https://twitter.com/lovelive_SIF/status/540702245692522497
全世界でユーザー数1000万人（2014年12月）
公式発表
ユーザー数700万人(2015年1月19日達成/2015年1月23日発表)
https://twitter.com/lovelive_SIF/status/558459356883058688
ユーザー数800万人(2015年2月22日達成/2015年2月25日発表)
https://twitter.com/lovelive_SIF/status/570418276301279232
ユーザー数900万人(2015年4月22日達成/2015年4月28日発表)
https://twitter.com/lovelive_SIF/status/592886843479298050
全世界でユーザー数1500万人(2015年5月30日達成/2015年6月7日発表)
ユーザー数1000万人(2015年6月2日達成/2015年6月7日発表)
https://twitter.com/lovelive_SIF/status/607056935414685696
ユーザー数1100万人(2015年7月13日達成/2015年7月16日発表)
https://twitter.com/lovelive_SIF/status/621515480621158400
太鼓の達人プラス
850万ダウンロード(2014年2月発表/iOS 2010年5月28日配信開始)
1000万ダウンロード(2014年10月？)
http://www.4gamer.net/games/110/G011099/20141017021/
1600万ダウンロード（2015年6月25日ニコ生内発表）
Cytus（Vita含む）
500万ダウンロード（2013年12月27日情報/iOS 2012年01月12日）
http://app.famitsu.com/20131227_288294/
Deemo
20万ダウンロード（2013年12月27日情報/iOS 2013年11月配信開始）
グルーヴコースター ゼロ
200万ダウンロード（2014年5月20日発表/2012年11月20日配信開始）
beat gather(JP)
130万アカウント(2014年1月？/2011年10月13日配信開始)
ピアノ レッスン PianoMan
400万ダウンロード(2013年11月以前？)
Tokyo 7th シスターズ
40万ダウンロード（2015年1月発表/2013年11月27日配信開始）
https://twitter.com/t7s_staff/status/558173071350046720
アプリを削除しなくとも、新規プレイが出来るためにダウンロード数の水増しはほとんどないと思われます。
60万ユーザー（2015年6月25日発表）
http://www.donuts.ne.jp/news/2015/20150625.html
SHOW BY ROCK!!
リニューアルで蘇った音ゲー。
90万ダウンロード(2015年3月21日発表/2015年2月現在)
http://www.sanrio.co.jp/corporate/release/y2015/d0321/
100万69ダウンロード(2015年4月)
2015年5月1日よりイベント開催。
130万ダウンロード（2015年4月）
「2015 年 5 月時点で 130 万ダウンロードを突破しました。」（PDF）
アイドルクロニクル
10万ダウンロード(2015年4月発表/2014年12月25日配信開始)
http://ameblo.jp/idolchronicle/entry-12011446954.html
以下、記事当時のダウンロード数なので現在の数字とは違うところがあります。
REFLEC BEAT plusとかDJMAX TECHNIKA Qなんかのデータは見つかりませんでした。
複数プラットフォームのものもあればiOSだけのもあるし、全世界のデータもあるのでランキングっていう形にはしてません。
そもそも間に入るゲームもあるだろうし。
ゲーセンが閉店ラッシュとか家庭用ゲームの売り上げが下がる一方で盛り上がるスマホのゲームアプリ。
スマホのゲームだと長時間プレイするより、短時間ちょこっと遊べるのがいいということで、音ゲーの1曲のプレイ時間2分くらいっていうのも合致してる。ルールも簡単で初心者もプレイはじめやすい。
と、スマホゲームと音ゲーの相性は意外とよくそれまで音ゲーやったことないって人もプレイしたりしていて、音ゲー人口もアプリに関しては結構多いっぽい。
その流れもあってなのか家庭用だとVitaや3DS向けの音ゲーが多いですよねー。
据え置き機で作りこんだものを！っても思うけどそういう時代じゃないのかもしれないですね。
昔は携帯向け？っていうと「もしもしかよｗｗ」って馬鹿にされたものですが、モバゲーやGREE、そしてパズドラの大ヒットもあり一つの業界として確立された感じですよね。